根據《企業所得稅暫行條例》及其實施細則，《中華人民共和國稅收征收管理法》及《國家稅務總局企業所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的規定，企業所得稅的匯算清繳應按以下程序進行：

（一）匯算清繳期限企業繳納所得稅，按年計算，分月或者分季預繳 [3] 

納稅人應當在月份或者季度終了后十五日內，向其所在地主管稅務機關報送會計報表、預繳所得稅申報表和納稅人發生的應由稅務機關審批或備案的有關稅務事項；年度終了后四十五日內，向其所在地主管稅務機關報送會計決算報表和所得稅申報表，在年度終了后五個月內結清應補繳的稅款。預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關予以及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應繳納的稅款。

應注意的是：

1、實行按月或按季預繳所得稅的納稅人，其納稅年度*后一個預繳期的稅款應于年度終了后15日內申報和預繳，不得推延至匯算清繳時一并繳納。

2、若納稅人已按規定預繳稅款，因特殊原因不能在規定期限辦理年度企業所得稅申報的，則應在申報期限內提出書面延期申請，經主管稅務機關核準后，在核準的期限內辦理。

3、若納稅人因不可抗力而不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應當在不可抗力情形消除后立即向主管稅務機關報告。主管稅務機關經查明事實后，予以核準。

4、納稅人在納稅年度中間破產或終止生產經營活動的，應自停止生產經營活動之日起30日內向主管稅務機關辦理企業所得稅申報，60日內辦理企業所得稅匯算清繳，并依法計算清算期間的企業所得稅，結清應繳稅款。

5、納稅人在納稅年度中間發生合并、分立的，依據稅收法規的規定合并、分立后其納稅人地位發生變化的，應在辦理變更稅務登記之前辦理企業所得稅申報，及時進行匯算清繳，并結清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續計算。

（二）匯算清繳程序

1、填寫納稅申報表并附送相關材料

納稅人于年度終了后四個月內以財務報表為基礎，自行進行稅收納稅調整并填寫年度納稅申報表及其附表〔包括銷售（營業）收入及其他收入明細表、成本費用明細表、投資所得（損失）明細表、納稅調整增加項目明細表、納稅調整減少項目明細表、稅前彌補虧損明細表、免稅所得及減免稅明細表、捐贈支出明細表、技術開發費加計扣除明細表、境外所得稅抵扣計算明細表廣告費支出明細表、工資薪金和工會經費等三項經費明細表資產折舊、攤銷明細表、壞賬損失明細表、事業單位、社會團體、民辦非企業單位收入項目明細表、事業單位、社會團體、民辦非企業單位支出項目明細表〕，向主管稅務機關辦理年度納稅申報。納稅人除提供上述所得稅申報及其附表外，并應當附送以下相關資料：

（1）財務、會計年度決算報表及其說明材料。包括資產負債表、損益表、現金流量表等有關財務資料；

（2）與納稅有關的合同、協議書及憑證；

（3）外出經營活動稅收管理證明和異地完稅憑證；

（4）境內或者境外公證機構出具的有關證明文件；

（5）納稅人發生的應由稅務機關審批或備案事項的相關資料；

（6）主管稅務機關要求報送的其他有關證件、資料。